なんかCats pluginとMaterial combinerの日本語の情報見つけられなくて個人的に困ったので、試行錯誤しつつ調べたこと書いてます。
中の人の理解が足りない部分もあるかもしれません。予めご了承ください。

blender 2.79b
VRM IMPORTER 0.5
Cats blender plugin 0.12.2
VRoid Studio 0.6.4
Material combiner 2.0.3.3

完結に示すと

VRM IMPORTERで取り込んだVRMモデルの材質をMaterial combinerでそのままくっつけようとすると、VRoidの場合身体以外真っ黒になる→テクスチャの順番が原因っぽいので(body以外2番めにメインのテクスチャが来ている)めんどいけど順番直す。

これをすべての材質に対して行う(bodyのオブジェクトにある材質は多分やらなくて良い)

→MatCom→Continue→combineをクリック。

左のMatComタブ→「Continue」をクリック
すべての材質が選択されていることを確認して、Combineをクリック。

 

成功するとUVもテクスチャもいい感じに並べてくれます。(透過部分がちょっともったいないけど)

ちなみにノーマルマップとかemittion等は移せない模様(場合によってはくっつけたテクスチャを複製して、専用のテクスチャ作っちゃおう)。材質カラーでつけた色は強制的にテクスチャに焼いてくれるっぽい(髪の毛とか)

材質1つにしちゃうので、半透明表現は諦めます。Unityに取り込むときの透過の設定は、cutoutで設定しちゃいます。(MMD向けに作るとなると材質くっつけないほうがいいかも)

たぶん何もしないで「combine」すると失敗しちゃうの、1からモデリングするとき「わざわざメインのテクスチャを最初以外に置く」ということを想定していないのかも…?

まあ、目的はVケットやVコミマのアバターペデスタルや置物、その他VRCにモデルを設置していただくときに、「材質減らさないとVRoidキャラ1体も置けない!」なんてことになりがちなので、早いことやり方調べておきたかったのです。VRoidは顔だけで材質の数9個ありますからね…ひえぇ~。私のモデルだと大体髪の毛のマテリアル3~6は使いますし。