なんかCats pluginとMaterial combinerの日本語の情報見つけられなくて個人的に困ったので、試行錯誤しつつ調べたこと書いてます。
中の人の理解が足りない部分もあるかもしれません。予めご了承ください。
blender 2.79b
VRM IMPORTER 0.5
Cats blender plugin 0.12.2
VRoid Studio 0.6.4
Material combiner 2.0.3.3
2019/07/21 どうやらVRoidモデルのアトラス後の結果が真っ黒になってしまうの、単にCats blender pluginのバージョンが古すぎたゆえの問題でした…。最新版の0.13.3ではテクスチャの順番を入れ替えることなく正常にアトラス家できることを確認しました。最新版で必要ない工程は畳んでおきます。
完結に示すと
記事執筆時点でのCATSプラグインで必要だった工程(最新版は必要ありません)を開く
Cats blender pluginでVRMを取り込む→MatCom→Continue→combineをクリック。
ちなみにノーマルマップとかemittion等は移せない模様（場合によってはくっつけたテクスチャを複製して、専用のテクスチャ作っちゃおう）。材質カラーでつけた色は強制的にテクスチャに焼いてくれるっぽい（髪の毛とか）
材質1つにしちゃうので、半透明表現は諦めます。Unityに取り込むときの透過の設定は、cutoutで設定しちゃいます。（MMD向けに作るとなると材質くっつけないほうがいいかも）
たぶん何もしないで「combine」すると失敗しちゃうの、1からモデリングするとき「わざわざメインのテクスチャを最初以外に置く」ということを想定していないのかも…？→プラグインを最新版にしたら直りました(2019/07/21)
まあ、目的はVケットやVコミマのアバターペデスタルや置物、その他VRCにモデルを設置していただくときに、「材質減らさないとVRoidキャラ1体も置けない！」なんてことになりがちなので、早いことやり方調べておきたかったのです。VRoidは顔だけで材質の数9個ありますからね…ひえぇ～。私のモデルだと大体髪の毛のマテリアル3～6は使いますし。